طبق ماده 3 قانون امور گمرکی ایران از جمله مهم‌ترین اهداف و وظایف سازمان گمرک ایران اعمال سیاست‌های دولت در زمینه صادرات و عبور کالا، تشخیص و وصول حقوق ورودی و سایر وجوه قابل وصول قانونی، انجام تشریفات قانونی ترخیص و تحویل کالا، کنترل و نظارت بر امر عبور، اعمال مقررات گمرکی درباره‌ی معافیت‌ها و ممنوعیت‌ها، اجرای قوانین مربوط به تخلفات و قاچاق گمرکی، کالاهای متروکه و ضبطی، تمیهدات لازم برای تسهیل امور تجاری، تشویق صادرات و گسترش عبور کالا بر شمرده است.